Kunszentmiklós népe a hódoltság idején, a 16. század derekán vált reformátussá a többi felsőkiskunsági faluval együtt, Szegedi Kis István és Skaricza Máté térítő munkája nyomán.

A hagyomány szerint első sövénytemploma az 1600-as évek elején épült a falut átszelő Bakér partján, a mostani templomtól keletre, mintegy 50-60 méter távolságra. Ezt a templomot láthatta és írta le a tudós honismereti szerző, Bél Mátyás, itt jártakor, az 1730-as évek elején.

A múlt század közepén a lányok tanítójaként és a gyülekezet kántoraként itt működő Földváry Antal naplójában említi meg, hogy 1734-ben új templom épült az előbbi helyén, "ennek az alapja kőből volt, fellyebb vályog, padlássa deszka tarkára festve, szószék fából, felette pelikán madár fiaival."

A templomnak tornya még nem volt, ennek építésére csak 1754-ben nyert engedélyt a gyülekezet Mária Teréziától, és föl is épült a torony a mostani helyén, azonban jóval alacsonyabbra, Földváry szerint "...nem volt magosabb a rostélynál." (Vagyis a mostani toronysisak alsó széléig ért a csúcsa!)

A ma is álló, a toronyhoz csatlakozó kései barokk templomhajó alapkövét 1786-ban rakta le Szőnyi Virág Mihály püspök, építése 1792-ben fejeződött be, és akkor bontották le a régi templomot, de annak kőből faragott bejárati ajtókeretét beépítették az új templomba, a torony és a hajó közé.

Az utolsó jelentős építkezésre 1819-20-ban került sor, amikor Hild József építész és Hacker József ácsmester a mai magasságára emelték a tornyot. Ekkor került helyére az új harang, az óraszerkezet a számlapokkal, és az orgona.

Baksay Sándor lelkész, püspök 1891 és 1911 között alakíttatja ki a három timpanonos bejáratot, a mai formájára építteti újjá a toronysisakot, kikövezteti a templom környékét, új orgonát állíttat be, és a régi zsindely helyett palával boríttatja a templom tetejét.

Baksay nevéhez fűződik a mostani, klasszicista stílusú parókia emeltetése is 1878-ban, amelyet az Iliász-fordító tudós pap maga keresztelt tréfás-görögösen Bakerion névre.

Az 1990-es évek végére szükségessé vált a templom felújítása, mely két ütemben volt lehetséges. A torony 2002-re, míg a templomhajó 2005-re újult meg teljes egészében.