Pontos történelmi adataink nincsenek Váralja reformációjáról, az 1560-as évektől számítható. A legrégebbi anyakönyvünk 1732-től való. Ennek első lapjain az akkori lelkész feljegyzése szerint ez az egyházközség régi, de, hogy mikortól számítható ezt nem tudhatjuk, mert az időknek mostohasága miatt a régi anyakönyvek elvesztek.

Mivel Tolna és Baranya reformációja Sztárai Mihály és Szegedi Kiss István nevéhez fűződnek, ezért ők lehettek itt a reformátorok de erre nézve írásos dokumentum nem maradt fenn. Tény, hogy a teljes falu a református hitet követte. 1646-ban épült első temploma-fából és a hozzátartozó parókia (lelkészlakás) is. Nem a mostani helyén, hanem Váralja "Kövesd--nek nevezett részén. 1767-ben épült a következő templom szintén fából (ennek elemei megvannak a mai templomban ). Több tűzvész és árvíz után épült meg a jelenlegi templom 1802-1807-ig. Kőből és téglából az egyházközég erejéből, a lehető legjobban. Minden család egy ökör árát és egy vég vásznat adományozott a mennyezet díszítésére. 1808-ban már órát készíttettek a toronyba, amit 1875-ben Fülöp István szekszárdi órásmester által egy másik óra váltott fel. 1852-ben készült az orgona Focht Ferenc pécsi orgonamester által. Francia stílusú máig szépen szóló orgona. 1907, 1927, 1957, 2002-ben történtek a templomfelújítások (önerőből). A jelenlegi parókia 1833-ban épült.

Az első-írásban is említett "oskolaháza- 1776-ban épült. Első oskolamester Gödöllei György volt. 2001-ben készült a jelenlegi (új) gyülekezeti terem. A kevés számú németség egy része beépült az egyházközségbe (a többi evangélikus vagy katolikus volt).