1849. január 23-án szerb csapatok rohanták meg a falut. A magyar lakosság fejvesztetten menekült el, mindössze 21 ember maradt hátra, ám őket - közöttük lelkészüket, Berhidai Keresztes Józsefet - a támadók agyonlőtték. Ugyanakkor a bécsi udvar szerbbarát politikájának köszönve a németeknek hajuk szála sem görbült meg. A magyarok amit tudtak, magukkal vittek (egészen Kiskunhalasig futottak), ami viszont ott maradt, az a helybeli és a szekicsi svábok prédája lett. Egy esztendő múlva tudtak csak visszatérni otthonaikba, ahol nagy nincstelenség várta őket. Házaikat, istállóikat felperzselték, jószágaikat, gazdasági felszereléseiket elvitték, még vetőmagjuk sem volt. Mivel pénzzel nem rendelkeztek, kénytelenek voltak eladni földjeiket, hogy a legszükségesebbeket pótolják. Így került a feketehegyi szántóföldek nagy része német kézre. A jobbágyvilágnak ugyan vége szakadt, a robotmunkától és egyéb kötelezettségeiktől megszabadultak, de szinte mindent elölről kellett kezdeniük. Ezúttal talán még szegényebbek voltak, mint amikor ide érkeztek Kunhegyesről. Megmaradt viszont a hitük és elszántságuk, amit senki nem vehetett el tőlük, s amely által képesek voltak újra talpra állni és folytatni megmaradásukért vívott harcukat.
Az 1850-es esztendő Feketehegy életében egy új periódus kezdetét jelentette. A béke korszaka következett, a falu felvirágzásának esztendei. A szabadságharc befejeztével a lakosság csaknem nincstelenné vált. Akinek maradt egy kevéske földje, igyekezett azt minden erejével megművelni, aki elveszítette vagyonát, elment napszámosnak a szomszédos határba. A szenttamási szerb gazdák földjeit hosszú évtizedeken át a feketehegyi magyarok dolgozták. Némi változást jelentettek számukra a századforduló utáni esztendők, amikor egy jóravaló szeghegyi sváb tanító révén idénymunkára sokan kijutottak Németországba. Ott voltak tavasztól őszig, a keresetüket hazahozták, házat építettek, földet vásároltak. Egész utcák keletkeztek ily módon a faluban. Most már nemcsak a megélhetésük látszott biztosítottnak, hanem a frissen vásárolt földeken megvalósíthatták régi álmukat: szőlőt telepítettek. Ennek köszönhetően a település gyors fejlődésnek indult, úgy hogy néhány év múlva alig akadt itt szegény ember. A szőlőt eladták, ami megmaradt abból bort készítettek, amit később szintén értékesíteni tudtak. Mivel a vagyontalanakból törpebirtokosok lettek, a nagyobb gazdák kénytelenek voltak másfelől cselédeket hozatni. Így kerültek Feketehegyre kishegyesi, topolyai, csantavéri és gunarasi római katolikus vallású szállás-béresek. Beszivárgásuk révén ismét megváltozott a falu lakossági összetétele, hisz közülük sokan itt telepedtek le.
Közben a reformátusság élte a maga egyházi életét. 1868-ban áttatarozták a templomot, s ekkor készült el a torony jelenlegi változata. Nagy renoválásra került sor 1900-ban is, amikor csak a falak és a torony maradtak meg: az ablakokat megnagyobbították, a lapos mennyezet helyett vasbetonból bolthajtásos mennyezetet készítettek, a belső bútorzatot újjal cserélték ki, orgonát építettek. A toronyóra 1853-ra készült el, de rövidesen elromlott, s évekig nem járt. 1877-ben felépült a sorrendben harmadik paplak, amely jelenleg imatermül szolgál a gyülekezetnek. Az iskolát már korábban, 1805-ben megszervezték, s a községnek már ekkor három tanítója volt. 1874-ben létrehozták a negyedik, 1891-ben az ötödik, 1913-ban a hatodik, 1918-ban pedig a hetedik tanítói állást. Az egyház 136 esztendőn át önállóan egymaga tartotta fenn az iskolát, s nevelt fel benne hat generációt. Saját pénzén hét iskolatermet és négy tanítói lakást építtetett meg.
A bácsfeketehegyi magyarok közösségét kezdetben a külső nehézségek (áttelepülés, az 1849. évi "szaladás") tették próbára, később viszont két komoly belső válság rázta meg. Az egyik a XIX. század derekán jelentkezett, amikor egy addig ismeretlen vallási irányzat, a nazarénizmus tanai kezdtek el terjedni a faluban. A nazarénusok mozgalma látszólag egyházi ügy volt, hisz az történt, hogy több család elszakadt a református egyháztól és külön gyülekezetet alapított. Az eset mindenek előtt a történelmi egyház gyengeségeit tükrözte, ahol eluralkodni látszott a "keménnyakú kálvinista" szűkkeblűség. Ehhez az is hozzájárult, hogy a kor lelkészei a teológiai liberalizmus és a bibliai racionalizmus emlőin felnövekedve, nem az élő igét hirdették a szószékről, hanem a szabadelvűséget propagálták. A szektásság elburjánzása végül odavezetett, hogy néhány esztendő múltán a szociáldemokrácia eszméi is egyre inkább tért hódítottak a helybeliek között, s érdekes módon főként azokban a családokban lelt lelkes követőkre, ahol korábban a nazarénus eszméket fogadták be. E két mozgalom jelenléte nem csupán a szociális feszültségek növekedéséhez vezetett, hanem nyugtalanságot, elégedetlenséget szított az őslakosok körében.